Os personagens de O Ateneu são narrados exteriormente. Ou seja, são vistos a partir da percepção de Sérgio, que conta a história em primeira pessoa. Isso difere da tradição naturalista, em que o narrador em terceira pessoa, e muitas vezes onisciente, conhece todos os pensamentos e as ações dos personagens.
SÉRGIO – narrador-protagonista, relata o período em que esteve no Ateneu.
ARISTARCO – na etimologia, seu nome significa “governo dos melhores”; é o diretor do Ateneu, mentor pedagógico da escola, egocêntrico e moralista. É possível observar a ironia presente no nome do dono do colégio.
FRANCO – aluno, bode expiatório de todos no internato, inclusive de Aristarco.
BENTO ALVES – personagem misterioso, figura como protetor.
DR. CLÁUDIO – professor, uma das poucas pessoas do colégio apresentadas como íntegras.
RABELO – o conselheiro.
SANCHES – amigo, colega da classe.
EMA – seu nome é anagrama de mãe; esposa de Aristarco, cuida dos educandos quando esses estão doentes, sendo uma espécie de mãe dos alunos.